«نئو»، به عنوان منتخب، اکنون باید شهر زیرزمینی «زایون» را از حملهی قریبالوقوع ارتش ماشینها نجات دهد. در دنیای مجازی (ماتریکس)، او با رؤیاهای مکرر مرگ «ترینیتی» روبروست و باید با «اسمیت»، که قدرتی فراتر از گذشته یافته، و همچنین برنامههای جدید و خطرناک سیستم مقابله کند.