«فاکس مالدر»، مامور افبیآی که به پدیدههای ماوراءالطبیعه و توطئههای دولتی اعتقاد دارد، به پروندههای حل نشده و مرموز سازمان، معروف به “پروندههای ایکس”، اختصاص داده میشود. «دانا اسکالی»، مامور افبیآی و یک پزشک علمیگرا، برای همراهی او فرستاده میشود تا فرضیههای مالدر را رد کند. این دو در کنار هم به بررسی پروندههایی میپردازند که اغلب شامل موجودات بیگانه، جهشیافتهها و توطئههای عمیق دولتی برای پنهان کردن حقیقت هستند، در حالی که مالدر به دنبال حقیقت درباره ربوده شدن خواهرش است.