برادران «ادوارد» و «آلفونس الریک»، پس از تلاش ناموفق برای زنده کردن مادرشان با کیمیاگری ممنوعه، بدنهای خود را از دست میدهند. «ادوارد» دست و پای خود را و «آلفونس» تمام بدنش را از دست میدهد. آنها برای بازیابی بدنهایشان، به دنبال «سنگ فلاسفه» میگردند و در این مسیر به ارتش میپیوندند و با رازهای تاریک و توطئههایی در مقیاس ملی روبرو میشوند.